Ο Μανώλης Χριστοφάκης είναι Καθηγητής στο Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Αιγαίου, με γνωστικό αντικείμενο «Περιφερειακή Ανάπτυξη και Πολιτική», ενώ από το 2004 έως το 2015 ήταν μέλος του Διδακτικού και Ερευνητικού Προσωπικού (ΔΕΠ) του Τμήματος Οικονομικής και Περιφερειακής Ανάπτυξης του Παντείου Πανεπιστημίου. Από το 2017 είναι επίσης μέλος του Συνεργαζόμενου Εκπαιδευτικού Προσωπικού του Ελληνικού Ανοικτού Πανεπιστημίου στη Θεματική Ενότητα ΔΕΟ24-Δημόσια Διοίκηση και Πολιτική.
Έχει διατελέσει Πρόεδρος του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων του Πανεπιστημίου Αιγαίου και είναι Διευθυντής (1/9/2022-31/8/2024) του Μεταπτυχιακού Προγράμματος Σπουδών στη Διοίκηση Επιχειρήσεων (ΜΒΑ) του ιδίου Τμήματος.
Έχει πολυετή διδακτική εμπειρία σε μεταπτυχιακό επίπεδο σε διάφορα πανεπιστημιακά τμήματα. Στο Πάντειο Πανεπιστήμιο, στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) του Τμήματος Οικονομικής και Περιφερειακής Ανάπτυξης έχει διδάξει τα αντικείμενα του Περιφερειακού Προγραμματισμού και της Αξιολόγησης Προγραμμάτων. Στο Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, στο ΠΜΣ «Ολοκληρωμένη Ανάπτυξη και Διαχείριση του Αγροτικού Χώρου» του Τμήματος Αγροτικής Οικονομίας και Ανάπτυξης δίδαξε επί σειρά ετών το αντικείμενο των Μεθόδων και Τεχνικών του Περιφερειακού Αναπτυξιακού Σχεδιασμού, καθώς επίσης στο διατμηματικό ΠΜΣ «Επιχειρηματικότητα και Συμβουλευτική στην Αγροτική Ανάπτυξη» των Τμημάτων Αγροτικής Οικονομίας και Ανάπτυξης και Επιστήμης Ζωικής Παραγωγής, το αντικείμενο του Σχεδιασμού για την Τοπική και Περιφερειακή Ανάπτυξη. Τέλος, στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου, στο ΠΜΣ «Οικονομική και Διοίκηση για Μηχανικούς» του Τμήματος Μηχανικών Οικονομίας και Διοίκησης, έχει διδάξει το αντικείμενο της Διαχείρισης Δημοσίων Επενδύσεων και Έργων και στα ΠΜΣ «Διοίκηση Επιχειρήσεων-ΜΒΑ» και «Διοίκηση Επιχειρήσεων για Στελέχη-Executive ΜΒΑ» του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων, τα αντικείμενα της Επιχειρηματικότητας και της Διοίκησης Καινοτομίας.
Έχει συνεργασθεί με το Economic and Social Cohesion (E.SO.C.) Laboratory του European Institute της London School of Economics (L.S.E.) και με το Ερευνητικό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο Περιφερειακής Ανάπτυξης (Ι.Π.Α.) του Παντείου Πανεπιστημίου.
Έχει δημοσιευμένο έργο σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά με κριτές, σε βιβλία, σε συλλογικούς επιστημονικούς τόμους και σε πρακτικά συνεδρίων, σε θέματα σχετικά με τον Εθνικό και Περιφερειακό Αναπτυξιακό Προγραμματισμό, την Περιφερειακή και Τοπική Οικονομική Ανάπτυξη, την Πολιτική Μεταφορών, την Τουριστική Ανάπτυξη, τη Χωροθέτηση Επιχειρηματικών Δραστηριοτήτων και την Τοπική Επιχειρηματικότητα.
